Za nejstaršího přímého předchůdce Fakulty vojenských technologií, jež je dnes jednou ze tří fakult Univerzity obrany, lze považovat Vojenskou technickou akademii (VTA), založenou v roce 1951, která vznikla v souvislosti s radikální reformou vojenského vysokého školství na počátku 50. let.

Brno bylo jako lokalita umístění nové, technicky zaměřené vojenské vysoké školy, vybráno pro svoji tradici technického vzdělávání nejvyšší kvality. Jádro VTA bylo direktivně vytvořeno ze značné části budov, vybavení i profesorského sboru tradiční Vysoké školy technické Dr. Edvarda Beneše. Tento krok byl vnímán občanskou veřejností velmi negativně, což na dlouhá léta ovlivnilo vztah s civilními školami.

Výuka na VTA byla zahájena v roce 1951 a postupně byla institucionalizována na šesti fakultách, poskytujících technické vzdělání v různých vojenských specializacích (dělostřelecká, tanková, letecká, ženijní, spojovací, chemická, železniční). Tyto specializace byly dále rozděleny na obory, ve kterých byli připravováni odborníci pro všechny druhy vojsk. Základní článek školy a fakult tvořily katedry. Původně bylo vytvořeno 44 kateder, z nichž 19 bylo celoakademických. V průběhu roku 1952 pak byla provedena dílčí reorganizace, při níž vzniky další katedry, jejichž počet se ustálil na šedesáti dvou. V roce 1953 byla propůjčena dekretem prezidenta republiky Vojenské technické akademii bojová zástava.

Po ukončení zakladatelského období, které provázela řada potíží a to jak s kvalifikací personálu, tak i materiálního charakteru, byla VTA po vzoru sovětských vojenských akademií v roce 1954 pojmenována po Antonínu Zápotockém, čímž získala název Vojenská technická akademie Antonína Zápotockého (VTA AZ). Ve snaze zvýšit kvalifikaci pedagogických pracovníků se kromě práce pedagogické zaměřila na rozvoj vědecké a výzkumné činnosti a na spolupráci se zbrojním průmyslem. Důsledkem tohoto úsilí bylo v roce 1954 získání práva udělovat vědeckou hodnost kandidáta věd. V tomto období proběhlo také několik reorganizací, při kterých byly vytvořeny další katedry.

Další etapa v existenci vojenské vysoké školy v Brně přišla v roce 1958, kdy byla v souvislosti s rozsáhlou reorganizací vojenského školství Vojenská technická akademie Antonína Zápotockého sloučena s Vojenskou akademií Klementa Gottwalda v Praze a byla přejmenována na Vojenskou akademii Antonína Zápotockého (VA AZ). Tato nově vzniklá škola začala poskytovat kromě technické i velitelskou přípravu budoucích důstojníků. Dělo se tomu tak na třech fakultách (velitelské, zbrojní, letecké a elektronické).

VAAZ poskytovala také odborné vojenské vzdělání pro zahraničí. Z počátku se jednalo zejména o vysílání pedagogických pracovníků akademie do zemí klientů, ale postupný nárůst těchto aktivit si vyžádal zřízení zahraniční fakulty. Rozvoj zahraničních aktivit a požadavek na zvýraznění vojenského charakteru školy si vyžádal změnu struktury školy, která byla realizována rozkazem prezidenta republiky v roce 1962, na jehož základě vznikla nová struktura VAAZ se čtyřmi fakultami – fakulta velitelsko-inženýrská, fakulta dělostřelecká a radiolokační, fakulta letecká a fakulta zahraniční. V roce 1966 byla v armádě přijata zcela nová koncepce přípravy a vzdělávání vojáků. Nový systém vzdělávání předpokládal rozdělení na funkce s vysokoškolským vzděláním pro důstojníky a funkce se středním vojensko-odborným vzděláním s maturitou pro praporčíky. Vyšší velitelské funkce měly být obsazovány důstojníky s dalším postgraduálním vzděláním. Této nové koncepci pak odpovídala organizační struktura VAAZ realizovaná v roce 1967, kdy vznikla fakulta velitelsko-organizátorská (sídlo ve Vyškově), fakulta inženýrská pozemních vojsk, fakulta letecká, protivzdušné obrany a spojovací, fakulta vyšších velitelů a zahraniční fakulta. Šedesátá léta přinesla kromě prohlubující se spolupráce se zahraničím a relativně úspěšné snahy zvýšit vědeckou úroveň školy také postupné sžití se s městem Brnem, jež vojákům pomalu odpouštělo jejich „konfiskační“ přístup z počátku 50. let.

Závažným zlomem v existenci VA AZ byla podobně jako v případě celé země okupace armádami Varšavské smlouvy v srpnu 1968. Atmosféra „pražského jara“, naplněná nadějí na uvolnění poměrů života v komunistickém režimu, pronikla i do prostředí akademie. 21. srpna 1968, když se před jejími budovami zjevily sovětské tanky, se zvedla vlna obecného odporu proti okupantům. Tiskárna akademie se aktivně podílela na šíření protiokupačních letáků i klíčových, jinými kanály nedostupných informací. Členové akademické obce také potají připravovali možnosti odporu proti okupantům. Na ten však, nikdy nemělo dojít.

Namísto něj dorazila na půdu Vojenské akademie tzv. normalizace. Ta se zde definitivně prosadila v červnu 1969, kdy bylo zavedeno centrální řízení stranických organizací. V roce 1970 následovala tzv. „normalizace“ poměrů na akademii, v jejímž důsledku byly nuceny opustit akademii stovky předních akademických pracovníků i členů politického aparátu. Doprovodným jevem jejich nahrazování byl proces utužení vojenského, tj. hierarchicky řízeného modelu školy. Na počátku roku 1972 byla akademie tvořena pěti fakultami (velitelskou, inženýrskou – pozemních sil, leteckou a protivzdušné obrany, dálkového studia a zahraniční).

V průběhu 70. a 80. let prošla VA AZ několika reorganizacemi, střídavě snižujícími a opět zvyšujícími počet jejích fakult.

Sametová revoluce v roce 1989 do jejího prostředí dorazila až zásahem zvnějšku a nasměrovala ji na cestu transformace v instituci tvořící součást armády demokratického státu.

Základem tohoto procesu bylo odpolitizování akademie a postupná demokratizace akademického prostředí, symbolizovaná zavedením samosprávných akademických institucí v roce 1990 a v neposlední řadě i změnou názvu na Vojenskou akademii v Brně. Průvodním jevem byly samozřejmě i personální změny, změny v obsahu výuky, či navracení budov v rámci města Brna. Do transformace také výrazně zasáhl rozpad československého státu, přinášející další restrukturalizaci armády i samotné akademie. Její podoba se ve druhé polovině 90. let ustálila na třech fakultách (velitelská a štábní, vojensko-technická, letectva a protivzdušné obrany). V tomto procesu hledala škola svoji novou roli v rámci armády, stejně jako se snažila navázat nové kontakty v zahraničí, především v rámci struktur NATO, i doma v rámci akademické spolupráce s civilními univerzitami.

Proces „permanentní transformace“, typický pro celou Armádu České republiky v 90. letech 20. století, byl v rámci Vojenské akademie v Brně definitivně završen na jaře roku 2004, kdy bylo rozhodnuto o zřízení jediné školy univerzitního typu, poskytujícího v rámci armády nejvyšší stupeň vzdělání. Součástí takto vzniklé Univerzity obrany se stala i značná část Vojenské akademie, jež se stala jádrem jedné z jejích fakult – Fakulty vojenských technologií. Fakulta vojenských technologií, nadále sídlící v Brně, se tak stala pokračovatelkou více než padesátileté tradice vojenského vysokého školství v jihomoravské metropoli.